バージョンが8.03以下のパーティションコマンダーでは、Windows Server 2003をインストールすると、OS選択画面で、"Longhorn" と表示されます。

この問題を修正するためのアップデータが提供されておりますので、以下のサイトでダウンロードして頂き、適用してください。

https://www.lifeboat.jp/support/faq/pc8_ud1.html

なお、この問題はあくまで表示上の問題となりますので、"Longhorn" を選択すれば、Windows Server 2003が正常に起動します。