バックアップ元に、バックアップ対象から除外するファイルが含まれていないか確認してください。desktop.ini、thumbs.db, *.lnkのファイルは、初期状態ではバックアップされない設定になっています。LB ファイル バックアップ3 Serverを起動し、オプションの共通設定を開くと、除外ファイルの設定を確認できます。

また、バックアップの設定画面でも除外ファイルを設定できるので、こちらの設定も確認してください。