http://www.microsoft.com/technet/treeview/default.asp?url=
　　　　　　/TechNet/prodtechnol/winxppro/reskit/prmc_str_masc.asp

BOOT.INIファイルはOSがあるパーティションを番号で指定します。パーティションやポジションを変更した場合、BOOT.INIは更新されずに誤ったパーティションを指してしまいます。Windowsは起動時にどれが正しいパーティションなのかをチェックしません。
まず、BOOT.INIで使用されているパーティションに対する番号付けの規則を理解する必要があり、それからBOOT.INIファイルの該当行が、現状での正しいパーティションを指すようにBOOT.INIファイルを修正編集する必要があります。

BOOT.INI はパーティションのカウントを最初のドライブから開始し、各プライマリ・パーティションに数字を割り当てます。これは、4つのプライマリ「スロット」０，１，２，３に対して最初に順番に、パーティション番号を1から割り当てることを意味しています。もし拡張パーティションがある場合、その中の論理パーティションはそれ以降の番号に順番に割り当てられていきます。フリーの領域もパーティションとしてカウントされます。例えば以下のようなドライブ構成の内容の場合、BOOT.INIは各パーティションに対して（？）のような番号を割り当てます。

Linux (4) 　NTFS (7)
Free (3) 　Free (6)
Extended (2) 　FAT32 (5)
FAT32 (1)
プライマリパーティション　論理パーティション(拡張内)

この例では、BOOT.INI はFAT32 (1) パーティション内に存在し、Windows XPはNTFS (7) パーティション内に存在します。BOOT.INI内でのエントリがXP ファイルが置かれている場所として（7）に設定されています。フリー領域に対するパーティション操作(新しいパーティションを作成)やLinuxパーティションを削除する場合、NTFSパーティションは依然として（7）のままで正しくブートを継続することができます。もしNTFSパーティションを、フリー領域内の場所に存在するように下方向に移動させた場合,パーティション番号は（6）になり、フリー領域の番号は（7）になります。そしてBOOT.INIがフリー領域を指すようになったために、XP はブートしなくなります。この場合、再度ブートが行われるようにするには、BOOT.INIファイルを編集する必要があります。

BOOT.INIの編集について
BOOT.INIファイルの編集作業は、どんなテキスト・エディタを使用しても可能です。. System Commander 7の組込みエディタを使用する場合、BOOT.INIがNTFSパーティション内にある場合でも、Windowsが起動されていない状態でこのファイルを編集することができます。この作業は、OS選択メニューでパーティション操作を選択し、パーティションウィザードで「パーティションのマニュアル操作」を選択します。ツールバーの「表示」をクリックするか、パーティション・エクスプローラの「表示」を選択すると、BOOT.INI ファイルがメニューに表示され(おそらくROOTディレクトリ内にあります)それをダブルクリックします。そこでBOOT.INIファイルの内容が表示され、同時にファイルの編集を行うことができます。
もしファイルがNTFSパーティション内にある場合は,この編集操作でファイルのサイズを増やすことは不可能で、ファイル内の値のみを変更可能です。
編集が完了したら「Ok」を選択して終了します。