たいへん遅くなりましたが、Windows Server 2012/2012R2で、スタートアップ修復を実行する手順をご紹介いたします。
Server 2012/2012R2も、Server 2008/2008R2と同様、GUIのメニューにスタートアップ修復がなく、コマンドラインで実行する必要があります。
1.例えば、以下のようなエラーが発生して2012R2が起動できない状態になったとします。

またはこのような英文のメッセージで起動しない場合。

2. Windows Server 2012 R2のインストールDVDから起動します。起動したら[次へ]をクリックします。

3. 左下にある[コンピュータを修復する]をクリックします。

4. 「トラブルシューティング」をクリックします。

5.コマンドプロンプトをクリックします。

6. コマンドプロンプトが起動したら、「cd recovery」と入力してキーを押します。

7. recoveryディレクトリに移動しますので、今度は「startrep」と入力してキーを押します。

8. スタートアップ修復が開始されます。しばらく待ちます。

9 コマンドプロンプト画面に戻ったら×で閉じます。

10 完了すると、2012 R2が認識されています。「続行」をクリックします。

11 Windowsが起動し、サインインの画面が表示されます。
サインインすると、無事起動できました!c(*゚ー^)ノ*・’゚☆

万一の場合にご利用ください!